Bu məqalə Science X-in redaksiya prosesinə və siyasətlərinə uyğun olaraq nəzərdən keçirilib. Redaktorlar məzmunun etibarlılığını təmin edərkən aşağıdakı atributları vurğulamışlar: Zülalın funksiyası onun strukturu ilə, strukturu – zülalın bükülmə üsulu – zülalların tikinti blokları olan amin turşularının ardıcıllığı ilə müəyyən edilir. Hüceyrələrimizdə xəstəliyə səbəb olan molekula bağlana bilən nümunələr də daxil olmaqla, yeni zülalların layihələndirilməsi üçün bir çox üsullar iki mərhələli prosesi əhatə edir: ilk növbədə struktur gəlir, sonra maşın öyrənmə çərçivəsi potensial olaraq bu strukturu qəbul edə biləcək ardıcıllıq repertuarını yaradır.
Təbiətdə bir çox fərqli amin turşusu ardıcıllığı eyni quruluşa qatlana bilər. Eyni zamanda, bir amin turşusu ardıcıllığı zülalın elastikliyindən və ya funksional tetikleyicidən asılı olaraq potensial olaraq müxtəlif strukturları qəbul edə bilər. Buna görə də, tədqiqatçılar yeni zülalların layihələndirilməsi üçün süni intellektdən istifadə etdikdə, problem süni intellektə bir çox potensial faydalı cavabların olduğunu “görməyə” istiqamətləndirməkdir – bir çox ardıcıllıq eyni qatı qəbul edə bilər.
Amy E. Keating, Biologiya Departamentinin rəhbəri, Cey A. Stein (1968) Biologiya professoru, biologiya mühəndisliyi professoru və bu yaxınlarda PNAS-da nəşr olunan məqalənin baş müəllifi: "İllər boyu sahə uğuru modelin təkamülün seçdiyi zülal ardıcıllığını təkrar istehsal edə biləcəyini soruşmaqla ölçdü - bizim işimiz göstərir ki, bu, protein dizaynı üçün ən yaxşı göstərici deyil".
PottsMPNN, Biologiya Departamentində hazırlanmış yeni maşın öyrənmə çərçivəsi, zülalın strukturunu və sabitliyini idarə edən, ardıcıllığın yaradılmasını və mutasiyaların zülalın sabitliyinə necə təsir edəcəyini proqnozlaşdırmaq qabiliyyətini yaxşılaşdıran fiziki prinsipləri özündə birləşdirir. Başqa sözlə, model ardıcıllıq-enerji mənzərəsini daha yaxşı başa düşür, yəni hər bir amin turşusunun eyniliyi və zülalın sabitliyi arasındakı əlaqəni ifadə edir. Bu çərçivənin zülal dizayn boru kəmərinə əlavə edilməsi tədqiqatçılara heç bir yerli proteinə bənzəməyən ardıcıllıqla struktur cəhətdən mümkün zülallar dizayn etməyə imkan verəcək.
"Tamamilə yeni, dizayn edilmiş bir quruluş haqqında düşünürsünüzsə, onu müqayisə etmək üçün heç bir yerli ardıcıllıq olmaz" dedi aspirant və aparıcı müəllif Foster Birnbaum. "Əslində bizi maraqlandıran şey, yaradılan ardıcıllığın istənilən strukturlara bükülmə ehtimalı, modelin ardıcıllıq-enerji mənzərəsini nə qədər yaxşı başa düşməsi və mutasiyaların zülalın sabitliyinə təsirini nə qədər yaxşı proqnozlaşdıra bilməsidir." Süni intellekt bu yaxınlarda bəzi dramatik sosial dəyişiklikləri gücləndirdiyi kimi, maşın öyrənməsi də fundamental bioloji tədqiqatların sürətinə və genişliyinə təsir etdi. Yalnız bu yaxınlarda zülal strukturunu və ya ardıcıllığını yaratmaq üçün hesablama modelindən etibarlı şəkildə istifadə etmək mümkün olmuşdur.
Bəlkə də bu gün ən çox istifadə edilən model 2022-ci ildə buraxıldı. "Biologiyada maşın öyrənməsi qədər sürətlə hərəkət edən bir sahə üçün bu model heç də ötüşməyib - bunun nə üçün olduğunu və onu bu qədər faydalı edən modelin nə olduğunu anlamağa çalışırıq" Birnbaum deyir. Birnbaum ilk olaraq tədqiqatçıların "səs-küy" adlandırdığı bir şeyin strateji tətbiqləri və ya təlim zamanı protein strukturuna dəyişikliklərin əlavə edilməsi ilə maraqlanırdı.
Xülasə — davamını mənbədə oxuyun.
