Bu məqalə Science X-in redaksiya prosesinə və siyasətlərinə uyğun olaraq nəzərdən keçirilmişdir. Redaktorlar məzmunun etibarlılığını təmin edərkən aşağıdakı atributları vurğuladılar: Müasir biologiya tədqiqatları indi görünməmiş miqyasda dəyərli məlumatlar yarada bilər. Ancaq bir böyük maneə var: bu mürəkkəb yüksək ölçülü verilənlər toplusunu mənalandırmaq.
İsveçrənin Bazel Universitetində bir qrup yüksək mürəkkəb verilənlər bazasında gizlənən strukturların dəqiq şəkillərini təqdim edə bilən yeni alət hazırlayıb. Alimlərə verilənlərdəki gizli nümunələri aşkar etməyə kömək etməklə proqram yeni elmi kəşflər etməyə kömək edəcək. Son on ildə biologiya "böyük məlumat" dövrünə qədəm qoydu. Bugünkü yüksək məhsuldarlıq texnologiyaları hüceyrələrin şəxsiyyətlərini və çoxölçülü xüsusiyyətlərini ələ keçirən geniş məlumat dəstləri yaradır.
Məsələn, tək hüceyrəli RNT ardıcıllığından istifadə edərək, tədqiqatçılar yüz minlərlə və hətta milyonlarla fərdi hüceyrədə on minlərlə genin aktivliyini ölçə bilərlər. Oxşar geniş miqyaslı məlumat dəstləri indi genetika və xərçəng tədqiqatlarından tutmuş nevrologiyaya qədər biologiyanın bir çox sahələrində istehsal olunur. Bu məlumatlar hüceyrələrin xəstəlik zamanı necə inkişafı, ünsiyyət qurması və dəyişməsi ilə bağlı əsaslı yeni anlayışlar təmin etməyi vəd edir.
Bununla belə, bu cür mürəkkəb məlumat dəstlərinin təhlili və şərhi tədqiqatçıların mübarizə apardığı əsas problem olaraq qalır. Professor Erik van Nimwegen deyir: "İnsanlar iki və ya üç ölçülü nümunələri tanımaqda yaxşıdırlar". “Lakin biz sadəcə olaraq 10.000 ölçüdə mövcud olan və belə yüksək ölçülü məkanlarda hansı strukturların mövcud ola biləcəyinə dair intuisiyaya malik olmayan verilənlər toplusunun şəklini yarada bilmirik”. Təbiət Biotexnologiyasında tədqiqatçılar ağac üzərində yüksək ölçülü məlumatları vizuallaşdıran yeni hazırlanmış proqram aləti "Bonsai" təqdim edirlər.
Onlar nümayiş etdirirlər ki, bu vizuallaşdırma verilənlərdəki strukturun, o cümlədən hüceyrələrin necə əlaqəli olduğunu və onların prekursor hüceyrələrdən necə inkişaf edə biləcəyini təmin edir. Ən populyar alətlər minlərlə ölçülü məlumatları iki ölçülü xəritəyə məcbur edir. Bu üsullardan faktiki olaraq hər bir araşdırmada istifadə olunsa da, tədqiqatçılar bu cür şəkillərin məlumatları dəyişməz olaraq təhrif etdiyini yüksək qiymətləndirirlər, bu da hüceyrələr arasında göstərilən əlaqələrin doğru olduğunu, yoxsa məlumatları iki ölçülü vizuallaşdırmaya məcbur etməklə yaradılan artefakt olduğunu söyləməyi qeyri-mümkün edir.
Bonsai bu problemin öhdəsindən gəlir. "Bizim alətimiz düz bir xəritə yaratmaq əvəzinə, budaqların yarpaqlarında ayrı-ayrı hüceyrələrlə budaqlanan ağac düzəldir" deyir birinci müəllif Dr. "Əsas odur ki, budaqlar boyunca olan məsafələr hüceyrələrin yüksək ölçülü məkanda nə qədər yaxından əlaqəli olduğunu dəqiq şəkildə əks etdirir." Komanda proqram təminatını həm simulyasiya edilmiş, həm də real təkhüceyrəli RNT ardıcıllığı verilənlər bazasında sınaqdan keçirib.
Xülasə — davamını mənbədə oxuyun.
