Məkan transkriptomikası toxuma boyunca minlərlə genin aktiv olduğu yerləri göstərə bilər, tək hüceyrə həssaslığında molekulyar xəritələr yaradır. Lakin iki belə xəritəni müqayisə etmək çətindir: incə toxuma dilimləri fırlana və ya dəqiq yerləşməyə malik olmaya bilər.