Bu məqalə "Science X"in redaktorluq prosesi və siyasətinə uyğun olaraq nəzərdən keçirilib. Tərcüməçilər məzmunun etibarlılığını təmin edərkən aşağıdakı xüsusiyyətləri vurğulayıblar:
Tək hüceyrəli RNA sekvensiyası (scRNA-seq) fərdi hüceyrələrdə gen ifadəsinin ölçülməsi üsuludur, hüceyrələrin fərqlənməsi, hüceyrə dövrü və stimul cavabı da daxil olmaqla müxtəlif hüceyrə proseslərinin müşahidəsinə imkan verir. Bioloji proseslərin yüksək qətnaməli görüntülərini təqdim edir. Bununla birlikdə, eyni hüceyrəni zaman keçdikcə davamlı olaraq izləmir. Bu məhdudiyyətlə mübarizə üçün, hüceyrə sürətli şəkilləri kompüterli şəkildə pseudotidim kimi tanınan nəticələnmiş inkişaf trajektoriyası boyunca təşkil edən trajektorya inferensiyası yanaşmaları inkişaf etdirilmişdir.
Trayektoriya inferensiya alqoritmlərində son irəliləyişlər tədqiqatçılara yüz minlərlə və ya hətta milyonlarla hüceyrəni ehtiva edən məlumat dəstləri yaratmağa imkan verdi. Bununla birlikdə, bu trajektoryaların aşağı axın analizləri, xüsusilə də fərqlənən ifadə olunan genlərin (DEG) müəyyən edilməsi çətinlik çəkir.
DEG-lərin iki nümunəsi ola bilər: ifadəsi şüur dövründə dinamik dəyişən genlər və nümunələri iki şərt arasında dəyişən genlər. Dinamik ifadə təhlili daha geniş istifadə olunsa da, dəyişmiş ifadə nümunələrinin müəyyən edilməsi də vacibdir. Əlavə olaraq hüceyrələr pseudo vaxt boyunca qeyri-qanuni şəkildə paylanıla bilər və nəticələnən trajektoriyada bir neçə şöbə ola bilər ki, bunun üçün ənənəvi modellər açıq regressiya modellərini və ya şöbə təyinatlarını tələb edir. DEG nümunələrini əhatə edən və mürəkkəb hüceyrə trajektoriyalarını idarə edən yeni aşağı axın analiz texnikalarının inkişaf etdirilməsi vacibdir.
Yaponiyanın Waseda Universitetinin Elm və Mühəndislik Fakültəsindən köməkçi professor Hitoshi Iuchi və professor Michiaki Hamada rəhbərlik edən bir tədqiqat qrupu aşağı axın analizi alqoritmini hazırlayıb.
"scLS, tək hüceyrəli RNA sekvensiya məlumatlarından pseudo-me ilə əlaqəli genlərin müəyyənləşdirilməsi üçün hesablama üsuludır", Iuchi izah edir. "Bu, özbaşına yazışmalar aparmaq üçün lazım olan qərarların azaldılmasını təmin edir və daha ətraflı bioloji təfsir üçün genlərə üstünlük vermək üçün istifadə edilə bilər". Onların araşdırması bu yaxınlarda "Nucleic Acids Research" jurnalında dərc olunub.
Xülasə — davamını mənbədə oxuyun.
